Erstmals wurde Bonaforth urkundlich im Jahre 1318 als "Bollenuorde" erwähnt, und zwar im Lehnbuch des Herzogs Otto von Braunschweig. Darin heißt es: "Wedekindus de Jvne medietatem decime in Bollenuorde", d.h. Wedekind von Jühnde erhält den halben Zehnten in Bonaforth.

Der Name des Ortes geht zurück auf die Furt, die hier durch die Fulda führte. Möglich wäre, dass diese Furt mit Bohlen ausgelegt war  ("Bohlenfurt").

Eine andere Deutung des Namens bezieht sich auf ein befestigtes Haus, eine Kemenade, die die Furt durch die Fulda sichern sollte ("Furt am Bollwerk").

Frühe Namen des Ortes waren u.a. Bollenford (1451), Bonforte (1498), Boneforde (1585), Bonenfurt (um 1715). Daraus entwickelte sich schließlich der Name Bonaforth (1785).